Ввысь, копеечная проблема. То есть, проблемы, как таковой, нет, она не в файлах, а в пользователе. Вот серьёзно, не ради флуда. Кого-то что-то раздражает... Можно долго ковырять систему с далеко не нулевой вероятностью отправить её в аут, а можно просто объяснить пользователю, что это важные системные файлы, их всегда будет видно и что трогать их не нужно. В данном случае перестать нервничать гораздо проще, чем ломать стандартно работающую систему. Тем более, что ломать надо тогда Windows, которая видит "файлы с точкой", а не Linux, которой эти файлы нужны и важны.
"Спокойствие, только спокойствие." (с) Карлсон