Сначала устанавливается windows, затем ubuntu 16.04 (или 18.04). При обновлении ubuntu, загрузчик Grub автоматически найдёт все системы, в том числе и windows, и пропишет их через себя. Диск, на котором grub, должен быть подключён к материнку первым. Если Windows при пуске всё-таки перехватывает управление, то при пуске компьютера держать нажатой клавишу (смотри в инструкции к материнке, у меня F11), вылезет "загрузочное меню" - там выбрать, с какого диска грузится. Это всё, если компьютер с BIOS. Если с UEFI, то, может быть, как-то иначе.
При переустановке windows, шлейф от диска с ubuntu следует вынимать во избежание повреждения загрузчика.