greethlee, boot лучше вам не создавать. Если не знаете, зачем он вам - значит не нужен, как, собственно, и большинству пользователей.
Выбор оси определяется загрузчиком GRUB. Он устанавливается на устройство, то есть в корень диска, например в sda или sdb, без номера раздела. В вашем случае есть два варианта его установки:
1) Ставите его на внутренний винт. Тогда система с внешнего винта будет загружаться только на этом компьютере.
2) Ставите его на внешний винт. Тогда ОС на внешнем сможет загружаться на других компьютерах, то только, если дать ей приоритет загрузки через UEFI/BIOS.
А так, в принципе, установка на внешний винт ни чем не отличается от установки на внутренний.