Ещё раз - тип файловой системы никакого отношения не имеет к типу раздела.
Зачастую, программы монтирования на тип раздела вообще не смотрят, он нужен только BIOS и системным загрузчикам для правильной загрузки OS.
А то, что индексы типов для GPT и MSDOS не совпадают, ну… собственно, а почему они должны совпадать вообще?