Тут смотря как посмотреть.
Во-первых, лучше будет работать та, у которой лучше драйвер под Linux. Про эту AMD ничего сказать точно не могу, а вот для данной NVidia подойдёт драйвер 304.60 и он наверняка будет предоставлен системной утилитой "Дополнительные драйвера" (с сайта лучше не ставить, а то слетит при первом же обновлении ядра).
Во-вторых, хотя обе карты и соответствуют техническим характеристикам материнки, но процессор для игр слабоват, так что обе карты будут работать одинаково не быстро.
В-третьих, обе карты будут работать не то, что не быстро, а возможно и медленно. Обосновываю эту догадку собственным опытом: у меня была когда-то
NVidia 7700GT, так её не хватало для игр уже в 14.04. Да что там игры, даже интерфейс иногда подтормаживал.
Ну и в четвёртых, любая из этих карт лучше встроенной, ибо с серией GMA Ubuntu никогда толком не дружила.