1. Имея два диска можно установить системы, не пользуясь флешкой.
2. Я так понял: еше не установлена ни одна система. Если это так то...
как лучше разбить диски...
Мой принцип - чем меньше разделов, тем лучше. Ибо всякая веревка, порезанная на куски, оказывается слишком короткой.
Если не позволять системам своевольничать, то в ЕФИ-режиме на две системы - три раздела, если нужно, то плюс раздел[ы] для файлов пользователя (ака файлопомойка).
Если вам хватит места, то мой совет: системные разделы создавать на ССД, ХДД - для файлов пользователя.
Вин10 по умолчанию наколбасит четыре раздела. Ubuntu (новее 17.04) по умолчанию установится в один.
...в каком порядке устанавливать.
Проще и универсальнее - сначала Windows, потом линукс. Желательно (почти обязательно), обе системы устанавливать в одном режиме.
Если Windows устанавливаете в ЕФИ режиме, то почти обязательно на диске должна быть таблица разделов GPT.
Вырисовывается примерно такой сценарий.
1. Устанавливать в режиме EFI.
2. Запускаем liveUBUNTU. Запускаем gparted. Производим разметку дисков.
Создаем таблицу разделов GPT. На HDD создаем раздел с файловой системой ntfs.
На SSD создаем три раздела:
sda1 fat32 SS256_1 100Mb boot,esp - ESP-раздел
sda2 ntfs SSD256_2 200Gb msftdata - Windows
sda3 ext4 ssd256_3 50Gb msftdata - Ubuntu
3. Устанавливаем Windows на раздел sda2. Раздел sda1 она должна подхватить как ESP-раздел.
4. Устанавливаем Ubuntu на раздел sda3. Раздел sda1 она должна подхватить как ESP-раздел.
Все время HDD можно использовать для хранения образов Windows и Ubuntu.
Его-же использовать как "загрузочную флешку" при установке систем.