В исходниках с правами что-то намучено, лень разбираться с чужими исходниками. Ставь в домашню папку, как у этого индуса описано.
cd
mkdir iVMS-4200
cd iVMS-4200/
tar -xvf ~/Загрузки/iVMS4200.tar.gz
chmod a+x ~/iVMS-4200/Linux/iVMS-4200
ln -s ~/iVMS-4200/Linux/iVMS-4200 ~/Рабочий\ стол
Правда, запускать сможешь только ты. Другой пользователь не сможет.