Насколько я знаю, apt работает без файла /etc/apt/apt.conf
Поэтому сделайте бэкап файла, и удалите его - это чтобы откатить изменения.
А вообще этот метод считается устаревшим, рекомендуется создавать файл
/etc/apt/apt.conf.d/proxy
и в него добавлять те настройки, которые относятся к прокси.