Я не знаю, как работает ксинерама.
До сих пор пробовал два варианта:
separate screen - запускается 2 отдельных Х-сервера, при этом мышь между ними перемещать можно, а окна - нет. Меня такой вариант пока полностью устраивает.
twinview - рабочая область расширяется на два монитора, хорошо работает, если высоты мониторов в пикселях совпадают, но если нет, то на мониторе с меньшим разрешением часть экрана окажется за пределами видимой области. Судя по описанию, ксинерама похожа на twinview.
Можно еще просто дублировать один и тот же вывод на оба экрана.