df -h
Далее смотри этой же командой содержимое папки, которая много весит, указав его в параметре команды. Так далее, пока не найдешь тяжёлые файлы. Можно воспользоваться утилитой baobab, которая покажет диаграмму использования диска.
Если обнаружится что-то тяжёлое в логах, то посмотри кто и на что жалуется. Попробуй устранить причину роста лога.