В терминале - sudo dbus-launch nautilus
Без терминала: Alt+F2, gksu dbus-launch nautilus.
Потом система запоминает, остаётся только выбрать. Можно смотреть и чистить корзину root`а. И, если включить показ скрытых файлов, на разделе откуда идет удаление, будет .Trash-0. Тоже можно удалять. Это и есть на самом деле "корзина".
Следует учесть, что даже такое удаление на самом деле не стирает с диска записанную информацию, а только разрешает системе записывать впоследствии на это самое место.