Вопрос был о том, почему так:
1. системе пофиг на установленные галки о самозапуске в программах. Нативных.
2. система раскладывает автозапуск приложений по разным папкам. С какого?...
3. Реально половина желаемого не автозапускается.
4. Поэкспериментируйте сами с сервисом miredo и его автозапуском ... Только через cron.
P.P.S. snap нафиг не выброшу. Уж больно задумка прекрасна.
Гм...
1. Вопрос не к системе, а к программам, т.к. галки в них... Что это у Вас, стесняюсь спросить из "нативного" не запускается?

2. А с какого б ей, спрашивается, не раскладывать? Механизмов автозапуска есть несколько. На какой разработчик конкретного приложения опирался - туда оно при установке и пропишется. В том же windows есть как минимум каталоги автозагрузки для текущего пользователя, всех пользователей, а еще (внезапно) есть секции Run и RunOnce в реестре; и это не говоря о Планировщике заданий. Одна папка в "благословенных" системах? Не смешите!
3. Разбираться надо в каждом конкретном случае, а не свалить на якобы плохую систему. Не нравится система - никто не держит. Нравится, но непонятно - разбираемся, и вникаем. Жаловаться-то какой смысл?! На такую формулировку вопроса есть лишь один разумный ответ: "УМВР, ЧЯДНТ?".
4. Экспериментировать, засовывая в свою систему чёрт пойми зачем мне нужные miredo желания нет. Выяснять что это - тоже. А что работает через cron с высокой долей вероятности заведется и через systemd, если нет заминок с необходимыми правами, и приложение/сервис сами по себе не кривые, то и банального .desktop в $HOME/.config/autostart/ должно хватить.
P.P.S. раз snap выбрасывать не хотите - то и любите его
полностью, со всеми вытекающими последствиями, в том числе с проблемами автозапуска и прочим

Эта задумка хороша не сама по себе по дефолту, а лишь там, где её применение действительно обосновано. В типовой десктопной системе среднестатистического пользователя в том виде, в каком она сейчас существует она реально не нужна. У меня, к примеру, её в 18.04 нет. Специально снёс, осознанно.