Форум русскоязычного сообщества Ubuntu


Следите за новостями русскоязычного сообщества Ubuntu в Twitter-ленте @ubuntu_ru_loco

Автор Тема: Обращение за помощью к гуру  (Прочитано 293 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Lapa34

  • Автор темы
  • Новичок
  • *
  • Сообщений: 2
    • Просмотр профиля
Обращение за помощью к гуру
« : 23 Июль 2019, 23:12:00 »
Уважаемые Убунтовцы, суть дела вот вот в чем:

https://chopchop.cbu.uib.no/submissions

cсылка без вирусов не переживайте.
Кароче, я занимаюсь генетикой. на сайте нужно внести файлы с последовательностями, но перед этим просить проверить их програмкой:

"Ensure your gene annotation file is a valid GFF3 file. To validate your file, please run gff3ToGenePred and ensure there are no errors. You will need to run this program on the terminal. If you are unsure how to do that, please ask someone (e.g. a bioinformatician) to help you."
 
У самой Винда, установила по инструкциям доплнительные компоненты, чтобы Ubuntu пошла, Ubuntu запускается, но как запустить эту програму не знаю((

Биоинформатика не мой конёк, так что прошу вашей помощи)))

Оффлайн zg_nico

  • Заслуженный пользователь
  • Модератор форума
  • Старожил
  • *
  • Сообщений: 3513
  • Nil mortalibus arduum est
    • Просмотр профиля
Re: Обращение за помощью к гуру
« Ответ #1 : 24 Июль 2019, 00:18:52 »
Кароче, я занимаюсь генетикой.
Словом, если брать Вашу ссылку за отправную точку (сам я с генетикой не знаком от слова совсем, но тихо её ненавижу, т.к. мой рост 2 метра при весе в районе 70 кг и врожденном нарушении цветоощущения), то поулчаем примерно такой алгоритм... Открываем терминал (Ctrl+alt+t), и выполняем последовательно команды:
1. качаем саму программу:wget --output-document=$HOME/gff3ToGenePred http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/gff3ToGenePred2. даем файлу права на исполнение:chmod +x $HOME/gff3ToGenePred3. смотрим справку по использованию:$HOME/gff3ToGenePredВ ответ получаем следующее:
(Нажмите, чтобы показать/скрыть)

С учетом справки, если ввести теперь в терминале команду $HOME/gff3ToGenePred /путь/к/файлу/Gff3/inGff3 /куда/сохранить/файл_outGpто файл /путь/к/файлу/Gff3/inGff3, который должен иметь структуру в соответствии со спецификацией, будет программой обработан, и результат будет сохранен в /куда/сохранить/файл_outGp. Обращаю Ваше внимание: я привожу полные пути к файлам. Пробелов эти пути не содержат. Если входной файл лежит в домашней папке пользователя и называется inGff3, до для конвертирования его в файл outGp с сохранением в домашнюю же папку пользователя, можно просто:$HOME/gff3ToGenePred inGff3 outGpЕсли файл (входной) лежит в каталоге [домашняя папка пользователя]/Генетика/Геном 1/ и называется inGff3 (входной), то можно так (результат будет сохранен в ту же папку [домашняя папка пользователя]/Генетика/Геном 1/ в файл с названием outGp):
$HOME/gff3ToGenePred ~/Генетика/Геном\ 1/inGff3 ~/Генетика/Геном\ 1/outGpИли так:
$HOME/gff3ToGenePred "$HOME/Генетика/Геном 1/inGff3" "$HOME/Генетика/Геном 1/outGp"
« Последнее редактирование: 24 Июль 2019, 00:34:35 от zg_nico »
Thunderobot G150-D2: Intel SkyLake Core i7-6700HQ 2.60GHz, 8Gb DDR4 2133 MHz, Intel HD530, NVidia GeForce GTX 960M 2Gb.  Ubuntu 16.04 64x [Unity], KUbuntu 18.04 64x.

Оффлайн Lapa34

  • Автор темы
  • Новичок
  • *
  • Сообщений: 2
    • Просмотр профиля
Re: Обращение за помощью к гуру
« Ответ #2 : 24 Июль 2019, 21:11:34 »
Огромннейшое спасибо!!!!! :coolsmiley: :coolsmiley: :coolsmiley: :smitten:Как раз работаб над исправлением генома у взрослых. И тоже цветовосприятие у меня нарушено)))

Оффлайн zg_nico

  • Заслуженный пользователь
  • Модератор форума
  • Старожил
  • *
  • Сообщений: 3513
  • Nil mortalibus arduum est
    • Просмотр профиля
Re: Обращение за помощью к гуру
« Ответ #3 : 25 Июль 2019, 03:27:08 »
И тоже цветовосприятие у меня нарушено)))
У самой Винда, установила по инструкциям доплнительные компоненты
А мне казалось, что проявляется это в виде отклонения только у мужчин, - девушка видит цвета даже если является носителем...
Как раз работаб над исправлением генома у взрослых
Если исправите - дайте знать. Готов предложить свое тело для экспериментов ))
Thunderobot G150-D2: Intel SkyLake Core i7-6700HQ 2.60GHz, 8Gb DDR4 2133 MHz, Intel HD530, NVidia GeForce GTX 960M 2Gb.  Ubuntu 16.04 64x [Unity], KUbuntu 18.04 64x.

 

Страница сгенерирована за 0.072 секунд. Запросов: 23.