Охх, начудил я делов. Рассказывать долго, вообщем свелось к тому, что я удалил папки "Загрузки" и прочие. Desktop то снова создался, а остальные - нет! Мне то не очень важно, но всё-же удобно было. В user-dirs.dirs я прописывал пути, но после перезагрузки они стерлись.
P.S.: теперь, оказывается, нет прав создать файл на раб.столе! Через sudo могу, а так нет. На Desktop'e замочек висит, мол, нельзя без прав.