куда положить папку user.js с пользовательскими настройками firefox?
Начнем с того, всё-таки, папка этот Ваш user.js, или-таки файл? Если папка, то порывшись у себя на диске я ничего подобного не нахожу, хоть firefox и пользуюсь. Если файл - то аналогично; вместе с тем, что это вообще за user.js, и что у него внутри?
По идее, если Вам надо написать некое дополнение для firefox, применяемое к определенным/всем сайтам на javascript, то здесь, насколько я знаю, одним файлом user.js не отделаешься. Надо что-то более серьезное создавать. Нужен manifest.json, нужен myscript.js, на который этот json ссылается, и нужно чтобы все это было подключено через вкладку about:debugging.
Подробнее