Ubbuntu, в той теме, исходя из описания того ТС, при загрузке всякий раз такое сообщение. У Вас оно при перезагрузке/выключении и не каждый раз. Файловая система - вряд ли в Вашем случае. Я бы больше в сторону проблем с железом посмотрел. Может, шлейф какой отошёл (можно хоть все поперевтыкивать, - заодно окисл контактов исключите таким образом), или еще какая подобная беда.
У меня по Вашему случаю дельных идей, как мне кажется, нет, - потому здесь и не отписывался. Но раз уж сами спросили (пусть и косвенно) - счел невежливым не ответить.