Начинается запуск юнита start_flask.service
у этого юнита что именно в ExecStart прописано?
Вручную запускаю через ./site.py
Не информативно. Надо не ./ впереди прописывать, а полный путь. Причем в юните, ИМХО, придется прописать через какой питон его запускать надо (python2 /path/to/site.py или python3 /path/to/site.py, где /path/to/ - полный путь относительно корневого каталога до скрипта, экранируя пробелы и спецсимволы)
Пользователь добавил сообщение 27 Февраля 2020, 18:22:54:
/home/user/Documents/script/venv/bin/python /home/user/Documents/script/site.py
в первой строчке site.py ссылка на python2 или python3?
Файл /home/user/Documents/script/venv/bin/python вообще существует?
ls /home/user/Documents/script/venv/bin/python
/home/user/Documents/script/venv/bin/python --version
что выдает?