Восстановил бекап с образа на диск
Бэкап надо снимать тогда, когда разделы отмонтированы и не используются. В Вашем случае могу предположить, что Вы снимали бэкап прямо в работающей системе, либо с каталогом /etc выполнялись некие манипуляции (был смонтирован, что-то в нем читалось/писалось). В данном случае Вы восстановились из битого образа.
Вроде как снимок делали всего диска
Вот это уже в большей степени к Вам вопрос - как делался снимок с самого начала. Опишите процесс. Какой утилитой? Куда нажимали в интерфейсе? Что писала программа в ответ?
Ну и для информации - рекомендую почитать вот
это. В частности раздел про dd посмотрите - это как раз то, что делает утилита "Disks/Диски". Начинается сам процесс создания резервной копии (если опустить хитрость про забивку нулями свободного места) в вики с
Отмонтируйте корневой раздел
Вами это отмонтирование было сделано? Я сильно подозреваю, что нет.