С ремаркой уважаемого
andytux, согласен полностью, но строку запуска предлагаю не менять исходя из того, что у Вас сейчас все работает. А "работает - не трогай"

К тому же не видя скрипта сложно понять на что завязан скрипт (bash там у Вас или sh, и нужен ли он вообще - весьма вероятно, что достаточно было бы в секции Exec самого desktop-файла указать /bin/bash -c 'здесь сама команда в виде скрипта-однострочника'). Но как уж сделано, так сделано.