Для того чтобы ограничить пользователя в домашней директории необходимо назначить ему домашнюю директорию sftp через chroot.
Например так можно запретить доступ ко всей системе:
Вдадельцем корневого каталога в котором будут располагаться каталоги пльзователей длжен быть рут.
Назначаем права (предположим корневой каталог /media/sftp)
chown root:root /media/sftp
shmod 755 /media/sftp
В данном каталоге создаём директорию для пользователя (пусть будет /media/sftp/user)
Теперь в файле /etc/ssh/sshd_config прописываем доступ:
Match User user
ChrootDirectory /media/sftp
ForceCommand internal-sftp
AllowTcpForwarding no
PermitTunnel no
X11Forwarding no
Перегружаем сервер:
sudo /etc/init.d/ssh restart
Внутри директории sftp путём настройки прав доступа можно ограничить вход в каталоги других пользователей.
Так же можно всё это настоить через специальную группу, чтоб не прописывать каждого отдельного пользователя.
Можно запретить ssh, чтоб пользователи могли входить только по sftp.
Но это уже выходит за рамки данного вопроса.
Я привёл токло пример, чтоб у автора появилось понимание данного вопроса.