То, что у вас пароль прописан для локального каталога. А PHP файлы у вас на другом сервере.
Да, это Апач, детка.
Попробуйте
<Location />
AuthType Basic
AuthName "Authorization required"
AuthBasicProvider file
AuthUserFile "/etc/apache2/passwd"
Require valid-user
</Location>
И, да, почему у вас <Directory> убежала из <VirtualHost> ?