Нужно создать текстовый файл с расширением .desktop такого содержания
[Desktop Entry]
Version=1.0
Name=My Python Project
GenericName=My Python Project
GenericName[ru]=My Python Project
Comment=My Python Project
Comment[ru]=My Python Project
Exec=/home/имя-пользователя/folder3/command run --params
StartupNotify=true
Terminal=true
Icon=/путь-к-иконке.png
Type=Application
Файл положить в папку ~/.local/share/applications/
Отредактируйте скрипт /home/имя-пользователя/folder3/command
Пропишите в нём в первой строке вместо
#!/usr/bin/env python3 (или другой похожей строки)
следующую:
#!/проект/.env/bin/python
Таким образом, мы назначаем файлу корректного "исполнителя".
Если в первой строке нет символов #!, то строку надо добавить.