Форум русскоязычного сообщества Ubuntu


Считаете, что Ubuntu недостаточно дружелюбна к новичкам?
Помогите создать новое Руководство для новичков!

Автор Тема: Ubuntu не видит скомпилированную программу Gromacs [Решено]  (Прочитано 750 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Trepetsky

  • Автор темы
  • Новичок
  • *
  • Сообщений: 5
    • Просмотр профиля
Уважаемые форумцы!
Скомпилировал себе недавно программу Gromacs 2020.1. Даже успел в ней немного поработать, но после первой же перезагрузки Ubuntu перестал видеть команды этой программы, пишет "команда не найдена". Пробовал удалять и устанавливать заново, но история повторяется.
Устанавливал я вот так:tar xfz gromacs-2020.1.tar.gz
cd gromacs-2020.1
mkdir build
cd build
cmake.. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
make
make check
sudo make install
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC
А это ссылка на инструкцию по установке: тыц
Сама установка прошла без ошибок. В интернете по теме ничего не нашёл.Но проблема ещё в том что я новичёк в Linux и сам толком и не знаю, что искать. Помогите пожалуйста.
(Нажмите, чтобы показать/скрыть)
« Последнее редактирование: 17 Июня 2020, 08:42:54 от zg_nico »

Оффлайн damix

  • Забанен
  • Активист
  • *
  • Сообщений: 664
    • Просмотр профиля
Trepetsky, ls -l /usr/local/gromacs/bin/GMXRC
file /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

Оффлайн Trepetsky

  • Автор темы
  • Новичок
  • *
  • Сообщений: 5
    • Просмотр профиля
Здравствуйте!
Спасибо за ответ, но это не помогло :'(

Оффлайн damix

  • Забанен
  • Активист
  • *
  • Сообщений: 664
    • Просмотр профиля
рукалицо

Оффлайн zg_nico

  • Заслуженный пользователь
  • Почётный модератор
  • Старожил
  • *
  • Сообщений: 3513
  • Nil mortalibus arduum est
    • Просмотр профиля
Спасибо за ответ, но это не помогло
Trepetsky, у Вас выводы команд попросили показать, а не решение предложили. Откройте окно терминала (Ctrl+Alt+T), вставьте туда по одной запрошенные команды, и после каждой вставленной нажимайте Enter на клавиатуре. Результат выволнения обеих команд из терминала текстом копируйте, и вставляйте в сообщение на форум, обернув в тег [code][/code] (для вставки тега пользуйтесь кнопкой # в редакторе сообщений на форуме).

Пользователь добавил сообщение 28 Апреля 2020, 08:05:28:
рукалицо
damix, нельзя в период пандемии! ))
Thunderobot G150-D2: Intel SkyLake Core i7-6700HQ 2.60GHz, 8Gb DDR4 2133 MHz, Intel HD530, NVidia GeForce GTX 960M 2Gb.  Ubuntu 16.04 64x [Unity], KUbuntu 18.04 64x.

Оффлайн Trepetsky

  • Автор темы
  • Новичок
  • *
  • Сообщений: 5
    • Просмотр профиля
 :2funny: Ну бывает  ;D
alex@ubuntu:~$ ls -l /usr/local/gromacs/bin/GMXRC
-rwxr-xr-x 1 root root 566 апр.  27 23:04 /usr/local/gromacs/bin/GMXRC
alex@ubuntu:~$ file /usr/local/gromacs/bin/GMXRC
/usr/local/gromacs/bin/GMXRC: ASCII English text

Оффлайн damix

  • Забанен
  • Активист
  • *
  • Сообщений: 664
    • Просмотр профиля
ls /usr/local/gromacs/bin
cat /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

Оффлайн Trepetsky

  • Автор темы
  • Новичок
  • *
  • Сообщений: 5
    • Просмотр профиля
alex@ubuntu:~$ ls /usr/local/gromacs/bin
demux.pl  gmx-completion.bash      GMXRC       GMXRC.csh  xplor2gmx.pl
gmx       gmx-completion-gmx.bash  GMXRC.bash  GMXRC.zsh
alex@ubuntu:~$ cat /usr/local/gromacs/bin/GMXRC
# This is a convenience script to determine which
# type of shell you have, and then run GMXRC.[csh|bash|zsh]
# from the Gromacs binary directory.
#
# If you only use one shell you can copy that GMXRC.* instead.

# only csh/tcsh set the variable $shell (note: lower case!)
# but check for the contents to be sure, since some environments may
# set it also for other shells
echo $shell | grep -q csh && goto CSH

# if we got here, shell is bsh/bash/zsh/ksh
. /usr/local/gromacs/bin/GMXRC.bash
return

# csh/tcsh jump here
CSH:
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC.csh

Оффлайн ReNzRv

  • Старожил
  • *
  • Сообщений: 2648
    • Просмотр профиля
Trepetsky,
Если после перезагрузки выполнить только:
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRCпомогает?

Оффлайн Trepetsky

  • Автор темы
  • Новичок
  • *
  • Сообщений: 5
    • Просмотр профиля
Trepetsky,
Если после перезагрузки выполнить только:
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRCпомогает?
Хм :) Помогло. А раньше почем-то не помогало ??? Бывает же.
Спасибо всем за отзывчивость, проблема решена. Буду теперь скрипты осваивать, чтоб каждый раз это не вводить.

 

Страница сгенерирована за 0.028 секунд. Запросов: 25.