Rootdiv, у Вас аналогичная проблема? Если нет, то, пардон, причем здесь это? У ТС проблемы вызываются. Вопрос в том - чем именно они вызываются. Влиять windows на установленную в параллель ubuntu описанным в топике образом может как раз через такие вот костыли. Чем их больше выявится - тем больше потенциальных источников проблемы. Дальше останется исключить их последовательно чтобы понять, что именно влияет у ТС. Иного способа диагностики мне в данном случае не видится. Ремарки из серии "у меня все работает нормально" в данном случае не уместны, т.к. сбивают с толку ТС, который может проигнорировать вопрос, а именно этот вопрос может оказаться ключом к решению проблемы.
DANNNNN, режим работы с диском какой у Вас в BIOS выставлен? AHCI? RAID? еще что-нибудь?