Ubbuntu, что за файл /var/lib/snapd/snaps/pycharm-community_205.snap.xdelta3-202-to-205.partial, и нужен ли Вам вообще этот самый pycharm? Если его попробовать отключить/удалить (не файл, а pycharm) - будет ли проявляться глюк? Целюсь пальцем в небо, применив к предоставленному Вами выводу вот такой вот фильтр:sudo lsof | egrep '[0-9]+(u|w)[^\n]+(REG)' | awk '{ print $10 }' | sort | uniq -c | sort -hr | head
Это я так попытался отфильтровать обычные файлы, которые открыты для чтения и записи и для записи, далее из этого перечня взял только сами имена файлов, выполнил отсев уникальных значений и пересчитал те, куда пишется чаще всего. В итоге получил список: 15 /var/lib/snapd/snaps/pycharm-community_205.snap.xdelta3-202-to-205.partial
1 /memfd:pulseaudio
1 /home/pavel/.config/pulse/af9874f61455488296ca1af7f39be547-stream-volumes.tdb
1 /home/pavel/.config/pulse/af9874f61455488296ca1af7f39be547-device-volumes.tdb
1 /home/pavel/.config/pulse/af9874f61455488296ca1af7f39be547-card-database.tdb
Насколько правилен такой подход - я не уверен, меж тем, поскольку выдается вперед этот самый pycharm - имеет смысл посмотреть все ли с ним в порядке. Может, он в тот файл ошибки логирует, или еще какой дрянью занимается? Открыт он, правда, для чтения и записи, так что нет полной уверенности, что пишет только в него. Меж тем, 15 обращений в логе о чем-то да свидетельствуют (а может и не свидетельствуют, - черт его знает). Словом, предлагаю копнуть в эту сторону. Сам этот пакет через snap у Вас, насколько я понимаю, установлен. Покажите вообще вывод snap list
чтобы не гадать.