Тут видно, что иконки на рабочем столе в наутилусе присутствуют, а на самом рабочем столе файлы без иконок.

С наутилуса программы запускаются

А пытаясь запустить с самого рабочего стола, получаю сообщение, что отказано в доступе

С терминала удачно всё запускается

Все нужные доступы открыты
