Пароли от админки роутера и WiFi поменять, конечно же, стоит.
По поводу попадания в компьютер, соединение компьютера с внешним миром осуществляется через порты, в Linux системах контролирует это - межсетевой экран Netfilter, который настраивается утилитой iptables. Для сервера настройка стандартна, сначала закрываются все порты, затем добавляются исключения для нужных соединений. В Вашем случае должны быть открыты 80, 443, порты, это для апача. Если нужна почта, то необходимо открыть 25-ый порт, а для SSH по умолчанию используется 22-ой порт, но лучше перенести на другой