Вы им когда пользуетесь, как настройки сохраняете?
В окне кастомайзера в "Просмотреть настройки" можно менять местами строки меню, я там удаляю все дополнительные оставляя пару строчек, Windows и дебиан. В следующем окне "Основные настройки" выбираем пункт,загрузки по умолчанию, показывать - не показывать меню, искать - не искать другие ОС, время до загрузки выбранного, параметры ядра при загрузке можно в строке отредактировать, генерировать-ли меню восстановления.
Ну и третья опция "Настройка оформления" где выбираем цвета строчек выводимых в меню, размер шрифта, картинку любую. Далее жмём сохранить. Я так понимаю, что это команда апгрейда граба, он при этом перезаписывается в /boot/grub/grub.cfg.
Плюс есть ещё опция Восстановить, по ней у нас берутся настройки из /etc/grub.d/backup/boot_grub/grub.cfg, этим мы приводим настройки граба к стоковым со всеми пунктами которые были при его первоначальном запуске, т.е. пункты для загрузки найденных систем, Дополнительные (рекавери и проч). Для более подготовленных пользователей есть ещё "расширенные настройки" в выпадающем не большом оконце. В принципе отказа не было ни одного за пару лет на разных дистрибутивах с параллельной установкой 4-х ОС.
Если пользователь не подготовлен, то Windows конечно ставится первой, кастомайзер запускается и настраивается в крайнем установленном дистрибутиве linux. Таким путём можно настроить меню граба ни разу не запуская терминал. Я хоть его и не боюсь, но так, в графическом режиме для меня удобней.
Знакомство с кастомайзером безопасно если просто походить по нему, посмотреть что там есть, главное не трогать кнопку "Сохранить".