У меня похожая проблема на
Ubuntu 20.04. Каждый раз, когда сохраняю документ в какой-нибудь текстовой программе, большая часть ярлыков на рабочем столе исчезает. Хотя сами файлы в полном порядке, лежат в папке Desktop

В западном интернете полно точно таких же жалоб на поведение
Ubuntu 19.04 и
20.04.

Я так понял, что там какой-то баг с зависимостями в системе. И нужно долго "колдовать" в терминале, чтобы это вылечить.
Один из пользователей предложил обходное решение: держать файлы для рабочего стола в другой папке (не Desktop), а на самом рабочем столе (в папке Desktop) держать ТОЛЬКО ярлычки для файлов.