У большинства пользователей винды два диска: C и D (не считаю скрытых "служебных").
Большинство из них при установке Linux выделяют место для ОС от диска D (на самом можно и от C).
Есть только один нюанс: надо выделять место в конце диска D, после него. Потому что все данные на дисках пишутся от начала к концу.
У тебя 2 варианта:
1. Ты сделал правильно и Windows призагрузке просит сделать checkdisk (проверку разделов, поскольку она видит, что то изменилось, надо проверить - размер раздела в данном случае). Надо позволить ей это сделать. С данными будет все в порядке, только если ты не "резанул" места для Ubuntu больше, чем у тебя было свободного пространства на диске.
2. Ты сделал неправильно и тогда ОЙ! часть твоих данных на диске D точно погибла. То что осталось можно попробовать восстановить специальными средствами, если они (данные) того стоят.