Не получается корректно поставить mysql

[no_frost]

Добрый день! Прошу помощи.
Имеется сервер с LMS Moodle на базе ubuntu 20.04 + Mysql 8 + apache.
С какого-то времени начались проблемы с установщиком, когда при попытке что-либо поставить выходила такая ошибка

^Cdpkg: ошибка при обработке пакета mysql-server-8.0 (--configure):
 installed mysql-server-8.0 package post-installation script subprocess was interrupted

, после чего сайт с LMS переставал работать с ошибкой базы данных. После перезагрузки сайт восстанавливался, поэтому проблему оставила на "потом". Так прошел год 

На сегодняшний день я приняла решение (возможно, неправильное, но все же) переустановить mysql и заодно обновить сервер. В итоге не получилось поставить mysql. Помогите. Ниже привожу свои действия.

1) Бэкап базы и конфигурационных файлов

Скопировала конфиги и базу в домашнюю директорию с сохранением параметров

Код: [Выделить]

cp -avt /home/sadmin/mysql_back /var/lib/mysql /etc/mysql/

2) Удаление mysql

2.1. Остановила сервис mysql

Код: [Выделить]

service mysql stop
2.2. Поискала установленные пакеты, которые относятся к mysql, чтоб знать какие пакеты удалить

Код: [Выделить]

apt search mysql-server
и

Код: [Выделить]

apt search mysql-client
2.3. Чистка директории мускула с конфигами 

Код: [Выделить]

эрэм эрэф /etc/mysql/
и логов

Код: [Выделить]

эрэм эрэф /var/log/mysql2.4. удалила пакеты, которые показал мне выхлоп команды из п. 2.2.

Код: [Выделить]

apt purge default-mysql-client default-mysql-client-core mysql-client mysql-client-8.0 mysql-client-core-8.0
Первый упс:

(Нажмите, чтобы показать/скрыть)

апт не запустился,

error E: Работа dpkg была прервана, вы должны вручную запустить «sudo dpkg --configure -a» для устранения проблемы.

Запускаю

Код: [Выделить]

dpkg --configure -a
dpkg стопорится на конфигурировании mysql, нажимаю ctrl+c, после чего dpkg донастраивает установленные ранее помимо sql пакеты и выдает выхлоп по sql

Настраивается пакет mysql-server-8.0 (8.0.21-0ubuntu0.20.04.3) …
^Cdpkg: ошибка при обработке пакета mysql-server-8.0 (--configure):
 installed mysql-server-8.0 package post-installation script subprocess was interrupted

2.5. Повторяю пункт 2.4. Удаление проходит без траблов.
2.6.

Код: [Выделить]

apt autoremove
3) Обновление системы
 

Код: [Выделить]

apt-get update

Код: [Выделить]

apt-get upgrade
Второй упс

(Нажмите, чтобы показать/скрыть)

Во время обновлений произошел сбой при настройке ядра 5.4.0-42-generic.

 Настраивается пакет linux-firmware (1.187.15) …
update-initramfs: Generating /boot/initrd.img-5.4.0-42-generic

Пришлось прервать установку командой ctrl+z, найти процесс

Код: [Выделить]

pgrep apt-get
и убить его по найденному номеру:

Код: [Выделить]

pkill xxxxА также удалила файл блокировки из-за невозможности запустить apt.

Код: [Выделить]

rm /var/lib/dpkg/lock 
После перезагрузки машины помогло

Код: [Выделить]

dpkg --configure -a

4) Установка mysql

Код: [Выделить]

apt install mysql-server mysql-client
Сейчас на 90% установка закончена, но не завершается, висит

(Нажмите, чтобы показать/скрыть)

Настраивается пакет mysql-server-8.0 (8.0.25-0ubuntu0.20.04.1) …
update-alternatives: используется /etc/mysql/mysql.cnf для предоставления /etc/mysql/my.cnf (my.cnf) в автоматическом режиме
Renaming removed key_buffer and myisam-recover options (if present)
mysqld will log errors to /var/log/mysql/error.log
mysqld is running as pid 53678

Заглянула в /var/log/mysql/error.log и пребываю в растерянности:

(Нажмите, чтобы показать/скрыть)

root@sev-sdo-03:/home/sadmin# cat /var/log/mysql/error.log
2021-07-06T08:18:17.249056Z 0 [System] [MY-010116] [Server] /usr/sbin/mysqld (mysqld 8.0.25-0ubuntu0.20.04.1) starting as p                                         rocess 53675
2021-07-06T08:18:17.272521Z 1 [System] [MY-013576] [InnoDB] InnoDB initialization has started.
2021-07-06T08:18:22.257960Z 1 [System] [MY-013577] [InnoDB] InnoDB initialization has ended.
2021-07-06T08:18:22.300513Z 1 [System] [MY-011090] [Server] Data dictionary upgrading from version '80021' to '80023'.
2021-07-06T08:18:24.935878Z 1 [System] [MY-013413] [Server] Data dictionary upgrade from version '80021' to '80023' complet                                         ed.
2021-07-06T08:18:25.287641Z 0 [ERROR] [MY-011292] [Server] Plugin mysqlx reported: 'Preparation of I/O interfaces failed, X                                          Protocol won't be accessible'
2021-07-06T08:18:25.287954Z 0 [ERROR] [MY-011300] [Server] Plugin mysqlx reported: 'Setup of socket: '/var/run/mysqld/mysql                                         x.sock' failed, can't create lock file /var/run/mysqld/mysqlx.sock.lock'
2021-07-06T08:18:30.572319Z 4 [System] [MY-013381] [Server] Server upgrade from '80021' to '80025' started.
2021-07-06T08:18:41.405246Z 4 [System] [MY-013381] [Server] Server upgrade from '80021' to '80025' completed.
2021-07-06T08:18:41.732234Z 0 [Warning] [MY-010068] [Server] CA certificate ca.pem is self signed.
2021-07-06T08:18:41.732622Z 0 [System] [MY-013602] [Server] Channel mysql_main configured to support TLS. Encrypted connect                                         ions are now supported for this channel.
2021-07-06T08:18:41.736052Z 0 [Warning] [MY-011810] [Server] Insecure configuration for --pid-file: Location '/tmp' in the                                          path is accessible to all OS users. Consider choosing a different directory.
2021-07-06T08:18:41.766764Z 0 [System] [MY-010931] [Server] /usr/sbin/mysqld: ready for connections. Version: '8.0.25-0ubun                                         tu0.20.04.1'  socket: '/tmp/tmp.DJCDMgqaAG/mysqld.sock'  port: 0  (Ubuntu).
2021-07-06T08:18:41.816273Z 0 [System] [MY-013172] [Server] Received SHUTDOWN from user <via user signal>. Shutting down my                                         sqld (Version: 8.0.25-0ubuntu0.20.04.1).
2021-07-06T08:18:44.176421Z 0 [System] [MY-010910] [Server] /usr/sbin/mysqld: Shutdown complete (mysqld 8.0.25-0ubuntu0.20.                                         04.1)  (Ubuntu).
2021-07-06T08:18:44.843277Z 0 [System] [MY-010116] [Server] /usr/sbin/mysqld (mysqld 8.0.25-0ubuntu0.20.04.1) starting as p                                         rocess 53786
2021-07-06T08:18:44.858702Z 1 [System] [MY-013576] [InnoDB] InnoDB initialization has started.
2021-07-06T08:18:45.100419Z 1 [System] [MY-013577] [InnoDB] InnoDB initialization has ended.
2021-07-06T08:18:45.351705Z 0 [ERROR] [MY-011300] [Server] Plugin mysqlx reported: 'Setup of socket: '/var/run/mysqld/mysql                                         x.sock' failed, can't create lock file /var/run/mysqld/mysqlx.sock.lock'
2021-07-06T08:18:45.352124Z 0 [System] [MY-011323] [Server] X Plugin ready for connections. Bind-address: '127.0.0.1' port:                                          33060
2021-07-06T08:18:45.439662Z 0 [Warning] [MY-010068] [Server] CA certificate ca.pem is self signed.
2021-07-06T08:18:45.439947Z 0 [System] [MY-013602] [Server] Channel mysql_main configured to support TLS. Encrypted connect                                         ions are now supported for this channel.
2021-07-06T08:18:45.443386Z 0 [Warning] [MY-011810] [Server] Insecure configuration for --pid-file: Location '/tmp' in the                                          path is accessible to all OS users. Consider choosing a different directory.
2021-07-06T08:18:45.479649Z 7 [ERROR] [MY-000061] [Server] 1396  Operation ALTER USER failed for 'root'@'localhost'.
2021-07-06T08:18:45.480823Z 0 [System] [MY-010931] [Server] /usr/sbin/mysqld: ready for connections. Version: '8.0.25-0ubun                                         tu0.20.04.1'  socket: '/tmp/tmp.ncxtDFUzpE/mysqld.sock'  port: 3306  (Ubuntu).

Процесс apt до сих пор висит на установке mysql и я уже не знаю, что делать.

UPD. Перезагрузила сервер, удалила файлы в /var/lib/mysql-files
и отредактировала файл /var/lib/dpkg/info/mysql-server-8.0.postinst, проставив  # перед строчкой

Код: [Выделить]

echo "ALTER USER 'root'@'localhost' IDENTIFIED WITH 'auth_socket';" >> "$initfile"
Запустила

Код: [Выделить]

dpkg --configure -a и получила

(Нажмите, чтобы показать/скрыть)

dpkg --configure -a
Настраивается пакет mysql-server-8.0 (8.0.25-0ubuntu0.20.04.1) …
Renaming removed key_buffer and myisam-recover options (if present)
mysqld will log errors to /var/log/mysql/error.log
mysqld is running as pid 4021

^Cdpkg: ошибка при обработке пакета mysql-server-8.0 (--configure):
 installed mysql-server-8.0 package post-installation script subprocess was interrupted
Настраивается пакет libcgi-pm-perl (4.46-1) …
Настраивается пакет libhtml-template-perl (2.97-1) …
dpkg: зависимости пакетов не позволяют настроить пакет mysql-server:
 mysql-server зависит от mysql-server-8.0, однако:
  Пакет mysql-server-8.0 пока не настроен.

dpkg: ошибка при обработке пакета mysql-server (--configure):
 проблемы зависимостей — оставляем не настроенным
Настраивается пакет libcgi-fast-perl (1:2.15-1) …
Обрабатываются триггеры для systemd (245.4-4ubuntu3.7) …
Обрабатываются триггеры для man-db (2.9.1-1) …
Обрабатываются триггеры для libc-bin (2.31-0ubuntu9.2) …
При обработке следующих пакетов произошли ошибки:
 mysql-server-8.0
 mysql-server
root@sev-sdo-03:/home/sadmin# dpkg --configure -a
Настраивается пакет mysql-server-8.0 (8.0.25-0ubuntu0.20.04.1) …
Renaming removed key_buffer and myisam-recover options (if present)
/var/lib/mysql/ibdata1:  4096
ERROR: Database files are locked. Daemon already running?
Warning: Unable to start the server.
Created symlink /etc/systemd/system/multi-user.target.wants/mysql.service → /lib/systemd/system/mysql.service.
^Cdpkg: ошибка при обработке пакета mysql-server-8.0 (--configure):
 installed mysql-server-8.0 package post-installation script subprocess was interrupted
dpkg: зависимости пакетов не позволяют настроить пакет mysql-server:
 mysql-server зависит от mysql-server-8.0, однако:
  Пакет mysql-server-8.0 пока не настроен.

dpkg: ошибка при обработке пакета mysql-server (--configure):
 проблемы зависимостей — оставляем не настроенным
При обработке следующих пакетов произошли ошибки:
 mysql-server-8.0
 mysql-server

Сейчас думаю заменить конфиги из первого пункта конфигами бэкапа. И толком не знаю вообще, правильно ли поступаю
Пользователь добавил сообщение 06 Июля 2021, 16:10:16:Откатила сервер до удаления mySQL, чтобы не совершать лишних ошибок, наверняка, я что-то делала не так
Вот выхлоп. Сайт работает, а ошибка сохраняется.

(Нажмите, чтобы показать/скрыть)

root@sev-sdo-03:/home/sadmin# dpkg --configure -a
Настраивается пакет mysql-server-8.0 (8.0.21-0ubuntu0.20.04.3) …
^Cdpkg: ошибка при обработке пакета mysql-server-8.0 (--configure):
 installed mysql-server-8.0 package post-installation script subprocess was interrupted
Настраивается пакет php7.4-common (7.4.3-4ubuntu2.4) …
Настраивается пакет php7.4-xmlrpc (7.4.3-4ubuntu2.4) …
Настраивается пакет php7.4-curl (7.4.3-4ubuntu2.4) …
Настраивается пакет php7.4-mysql (7.4.3-4ubuntu2.4) …
Настраивается пакет php7.4-readline (7.4.3-4ubuntu2.4) …
Настраивается пакет php7.4-mbstring (7.4.3-4ubuntu2.4) …
Настраивается пакет php7.4-intl (7.4.3-4ubuntu2.4) …
Настраивается пакет php7.4-zip (7.4.3-4ubuntu2.4) …
Настраивается пакет php7.4-pspell (7.4.3-4ubuntu2.4) …
Настраивается пакет php7.4-ldap (7.4.3-4ubuntu2.4) …
Настраивается пакет php7.4-opcache (7.4.3-4ubuntu2.4) …
Настраивается пакет php7.4-soap (7.4.3-4ubuntu2.4) …
Настраивается пакет php7.4-gd (7.4.3-4ubuntu2.4) …
Настраивается пакет php7.4-json (7.4.3-4ubuntu2.4) …
Настраивается пакет php7.4-xml (7.4.3-4ubuntu2.4) …
Настраивается пакет php7.4-cli (7.4.3-4ubuntu2.4) …
Настраивается пакет libapache2-mod-php7.4 (7.4.3-4ubuntu2.4) …
libapache2-mod-php7.4: not switching MPM - already enabled
Обрабатываются триггеры для man-db (2.9.1-1) …
Обрабатываются триггеры для php7.4-cli (7.4.3-4ubuntu2.4) …
Обрабатываются триггеры для libapache2-mod-php7.4 (7.4.3-4ubuntu2.4) …
При обработке следующих пакетов произошли ошибки:
 mysql-server-8.0
root@sev-sdo-03:/home/sadmin# dpkg --configure -a
Настраивается пакет mysql-server-8.0 (8.0.21-0ubuntu0.20.04.3) …
^Cdpkg: ошибка при обработке пакета mysql-server-8.0 (--configure):
 installed mysql-server-8.0 package post-installation script subprocess was interrupted
При обработке следующих пакетов произошли ошибки:
 mysql-server-8.0

Критично ли это? Стоит ли заблокировать обновления для этого пакета? Или есть способы исправить ситуацию?

[ASteZ]

У Вас сервер "железный" или виртуалка? Если виртуалка можно попробовать поднять новый инстанс, установить там все "с нуля" и перенести все туда
.
А потом уже экспериментировать с проблемным сервером без опасений что-то доломать неудачным экспериментом.
Мое ИМХО - раз оно работает то видимо сейчас пока не ситуация не критична. Но так как Вы не понимаете  что происходит и чем и когда это впоследствии "аукнется", то имеет смысл  лечить не откладывая "в долгий ящик".

А так не пробовали?

Код: [Выделить]

apt-get dist-upgrade

[Dzhoser]

 Если есть бэкап попробуйте переустановить

Код: [Выделить]

sudo aptitude purge mysql && sudo aptitude update && sudo aptitude install mysql

[no_frost]

apt-get dist-upgrade

Да, виртуалка. dist-upgrade не пробовала.

Пользователь добавил сообщение 07 Июля 2021, 09:33:36:Dzhoser, посмотрите второй мой шаг. Переустанавливала как написала в топике. Потом на 90 процентов установка останавливалась. Или это по другому?

[ASteZ]

no_frost, dist-upgrade в отличие от простого upgrade может удалять/устанавливать  некоторые пакеты, для удовлетворения изменившихся зависимостей. Поэтому стоит попробовать.
 
ИМХО если не поможет, то самое простое и безопасное будет развернуть новую систему на новой виртуалке с переносом туда данных.
А потом, уже "для спортивного интереса" можно безопасно экспериментировать с "лечением" старой системы..

Код: [Выделить]

apt-get check проходит без ошибок?

[Dzhoser]

Покажите

Код: [Выделить]

df -h такое впечатление что места нехватает

[no_frost]

apt-get check
проходит без ошибок?

Код: [Выделить]

apt-get check

(Нажмите, чтобы показать/скрыть)

E: Работа dpkg была прервана, вы должны вручную запустить «sudo dpkg --configure -a» для устранения проблемы.

Код: [Выделить]

dpkg --configure -a

(Нажмите, чтобы показать/скрыть)

Настраивается пакет mysql-server-8.0 (8.0.21-0ubuntu0.20.04.3) …
^Cdpkg: ошибка при обработке пакета mysql-server-8.0 (--configure):
 installed mysql-server-8.0 package post-installation script subprocess was interrupted
Настраивается пакет libproxy1v5:amd64 (0.4.15-10ubuntu1.2) …
Обрабатываются триггеры для libc-bin (2.31-0ubuntu9) …
При обработке следующих пакетов произошли ошибки:
 mysql-server-8.0

Теперь без ошибок:

Код: [Выделить]

apt-get check

(Нажмите, чтобы показать/скрыть)

Чтение списков пакетов… Готово
Построение дерева зависимостей
Чтение информации о состоянии… Готово

Запустила апт-гет дист-апгрейд и отпишусь как пройдет[/color]

Пользователь добавил сообщение 07 Июля 2021, 13:03:23:

Покажите

Код: [Выделить]

df -h такое впечатление что места нехватает

Вот если бы с местом были проблемы

Но нет

Filesystem      Size  Used Avail Use% Mounted on
udev             16G     0   16G   0% /dev
tmpfs           3,2G  1,2M  3,2G   1% /run
/dev/sda2       196G   38G  149G  21% /
tmpfs            16G     0   16G   0% /dev/shm
tmpfs           5,0M     0  5,0M   0% /run/lock
tmpfs            16G     0   16G   0% /sys/fs/cgroup
/dev/loop0       67M   67M     0 100% /snap/lxd/20840
/dev/loop1       56M   56M     0 100% /snap/core18/2066
/dev/loop2       56M   56M     0 100% /snap/core18/2074
/dev/loop3       33M   33M     0 100% /snap/snapd/12398
/dev/loop4       33M   33M     0 100% /snap/snapd/12159
/dev/loop5       62M   62M     0 100% /snap/core20/1026
/dev/loop6       67M   67M     0 100% /snap/lxd/20806
tmpfs           3,2G     0  3,2G   0% /run/user/1000

Пользователь добавил сообщение 07 Июля 2021, 13:47:08:Прямо сейчас идет выполнение

Код: [Выделить]

apt-get dist-upgradeТам ядро, питон, майскуэль и прочее по мелочи.
На mysql застопорилось.
Оставила старый конфиг, я в руководстве где-то прочла, что менять mysqld.cnf - не по феншую.

Файл настройки «/etc/mysql/mysql.conf.d/mysqld.cnf»
 ==> Изменён с момента установки (вами или сценарием).
 ==> Автор пакета предоставил обновлённую версию.
  Что нужно сделать? Есть следующие варианты:
   Y или I : установить версию, предлагаемую сопровождающим пакета
   N или O : оставить установленную на данный момент версию
      D    : показать различия между версиями
      Z    : запустить оболочку командной строки для проверки ситуации
 По умолчанию сохраняется текущая версия файла настройки.
*** mysqld.cnf (Y/I/N/O/D/Z) [по умолчанию N] ? n
mysqld will log errors to /var/log/mysql/error.log
mysqld is running as pid 42905

И все, установка висит на этом моменте.
Пользователь добавил сообщение 07 Июля 2021, 13:56:52:Приостановила выполнение команды ctrl+z и залезла в лог. Там такое (выкинула все, кроме Error), подчеркнула то, что интуитивно мне кажется важным. Как бы продолжить установку?

(Нажмите, чтобы показать/скрыть)

2021-07-07T03:46:17.024706Z 0 [ERROR] [MY-011292] [Server] Plugin mysqlx reported: 'Preparation of I/O interfaces failed, X Protocol won't be accessible'
2021-07-07T03:46:17.024930Z 0 [ERROR] [MY-011300] [Server] Plugin mysqlx reported: 'Setup of socket: '/var/run/mysqld/mysqlx.sock' failed, can't create lock file /var/run/mysqld/mysqlx.sock.lock'
2021-07-07T03:46:24.987020Z 0 [ERROR] [MY-011300] [Server] Plugin mysqlx reported: 'Setup of socket: '/var/run/mysqld/mysqlx.sock' failed, can't create lock file /var/run/mysqld/mysqlx.sock.lock'
2021-07-07T03:46:25.132565Z 7 [ERROR] [MY-000061] [Server] 1396  Operation ALTER USER failed for 'root'@'localhost'.
2021-07-07T10:14:59.848374Z 0 [ERROR] [MY-011292] [Server] Plugin mysqlx reported: 'Preparation of I/O interfaces failed, X Protocol won't be accessible'
2021-07-07T10:14:59.848657Z 0 [ERROR] [MY-011300] [Server] Plugin mysqlx reported: 'Setup of socket: '/var/run/mysqld/mysqlx.sock' failed, can't create lock file /var/run/mysqld/mysqlx.sock.lock'
2021-07-07T10:15:21.563716Z 0 [ERROR] [MY-011300] [Server] Plugin mysqlx reported: 'Setup of socket: '/var/run/mysqld/mysqlx.sock' failed, can't create lock file /var/run/mysqld/mysqlx.sock.lock'
2021-07-07T10:15:21.564196Z 0 [System] [MY-011323] [Server] X Plugin ready for connections. Bind-address: '::' port: 33060
2021-07-07T10:15:21.721375Z 0 [Warning] [MY-011810] [Server] Insecure configuration for --pid-file: Location '/tmp' in the path is accessible to all OS users. Consider choosing a different directory.
2021-07-07T10:15:21.770326Z 7 [ERROR] [MY-000061] [Server] 1396  Operation ALTER USER failed for 'root'@'localhost'.
2021-07-07T10:15:21.771185Z 0 [Warning] [MY-011302] [Server] Plugin mysqlx reported: 'Failed at SSL configuration: "SSL context is not usable without certificate and private key"'

[ASteZ]

Ну а вручную  этот lock file можно создать?
Plugin mysqlx reported: 'Setup of socket: '/var/run/mysqld/mysqlx.sock' failed, can't create lock file /var/run/mysqld/mysqlx.sock.lock'
В том смысле что все пути, права и пр. присутствуют?
И под каким пользователем оно пытается это файл создать?
И не из за какой-то опции старого конфига, не совместимой с новой версией пакета проблемы?
Я бы рекомендовал сравнить текущий и новый конфиг на предмет различий и погуглил бы, на  что отличающиеся параметры влияют...

И вот это тоже внушает подозрния?
2021-07-07T10:15:21.771185Z 0 [Warning] [MY-011302] [Server] Plugin mysqlx reported: 'Failed at SSL configuration: "SSL context is not usable without certificate and private key"'


И еще вопрос - а какой-нибудь firewall у вас не может блокировать соединения?

[no_frost]

Ну а вручную  этот lock file можно создать?

вот как раз буду пробовать по ошибкам

И под каким пользователем оно пытается это файл создать?

не знаю

И не из за какой-то опции старого конфига, не совместимой с новой версией пакета проблемы?
Я бы рекомендовал сравнить текущий и новый конфиг на предмет различий и погуглил бы, на  что отличающиеся параметры влияют...

Возможно, что проблема в этом как раз. Но: я оставляю же старый конфиг после выполнения команды дист апгрейд, который тоже проблемный по умолчанию, так как я поняла, что проблема возникла как раз год назад и создана, наверное, из-за обновления mysql c заменой конфига на новый (у меня того, исходного конфига нет).

И вот это тоже внушает подозрния?

2021-07-07T10:15:21.771185Z 0 [Warning] [MY-011302] [Server] Plugin mysqlx reported: 'Failed at SSL configuration: "SSL context is not usable without certificate and private key"'

Это нет, случайно скопировала ))) Только Error'ы важны, наверное ))) ssl я на mysql не настраивала и даже не знаю, зачем это надо

И еще вопрос - а какой-нибудь firewall у вас не может блокировать соединения?

К самой базе я подключаюсь же от рута и от простого пользователя как через ssh, так и через воркбенч. Единственное - не из локалки я к базе не подключусь, но этого и не надо.
На stackoverflow по поводу блокировки сессии нашла такое решение (под катом), еще не проверяла.

(Нажмите, чтобы показать/скрыть)

For those who are using apparmor the following permissions in /etc/apparmor.d/usr.sbin.mysqld allowed mysqld to create and use the lock file.

/var/run/mysqld/mysqld2.pid rw,
/var/run/mysqld/mysqld2.sock rw,
/var/run/mysqld/mysqld2.sock.lock rw,
Then run the following as root to reload the profile.

apparmor_parser -r /etc/apparmor.d/usr.sbin.mysqld
For some reason i got OP's error without rw permissions on all three of these files.

[ASteZ]

Если на сервере установлен apparmor то вариант со stackoverflow я бы проверил в первую очередь.. весьма вероятно что именно из за этого проблема