"Не мудри без меры - перемудришь."
Почему после записи образа на флешке появляется яблочное партиционирование?
Получается разметка из этого образа. Если в образе "яблочное", то получишь "яблочное". Если "исошная", получишь "исошную".
Можно ли залить образ вручную указав MBR/GPT?
Можно. Но нужно очень хорошо знать, что, куда, как.
Можно ли создать ext4-партицию не меняя партиционирования с яблочного?
Раздел ext4 создать можно, а вот "яблочное партиционирование" не нужно абсолютно.
Ubuntu20.04LTS (Release 20210209.1), записываю его с помощью StartupDiscCreator
Просто настрой загрузку из исо-образа. Сам исо-образ может быть хоть где. Впрочем, и загрузчик может быть где угодно, не обязательно на флешке.