Так распакуй и запакуй. Вот только при "запаковке" ты столкнешься с "...лишние сложности и ограничения".
оно здесь не уместно, ибо никто про это не спрашивал!
Неуместно говорить, но и про "persistent" ты не спросил. Наверно не слышал до этого. А это возможно позволило-бы избежать распаковки-запаковки.
А с исо все просто. Монтируешь, копируешь, добавляешь, создаешь новый с помошью mkisofs.