При таких соотношениях места должно быть достаточно. clonezilla данные сжимает.
Я однажды для эксперимента попробовал создать backup всей системы с помощью clonezilla,
это была Astra Linux на трёх или четырёх разделах, clonezilla запускал с CD, всё делал по умолчанию,
архив построился и записался на указанный ему раздел, потом из него восстановилась система,
так что при правильном обращении всё должно сработать.