Если не то,то извините, но может это как-то связано с тем что у вас. Cтавил eclipse, потом удалил, в итоге с java что-то испортилось, и некоторые приложения перестали работать, к примеру некоторые вэб-приложения или Azureus. Хотя eclipse был удалён, java почему-то ещё помнил его. В итоге всё исправилось, когда я удалил полностью все пакеты, в которых есть слово "java", "jre", "jdk", включая конфигурационные файлы, а затем установил их заново. И всё заработало. Пакет ubuntu-restricted-extras устанавливает openjdk, он прекрасно работает, и дело не в этом. Просто возможно у вас java перепутался.
Кстати, хотя я в java не разбираюсь, а только пытался чуть-чуть разобраться, Netbeans мне понравился больше, и после него нет никаких проблем. Там кстати, есть руский язык, и пакет сделан очень качественно, можно прямо с их сайта его скачать.