поставьте галку "Форматировать" на этапе разметки диска
- при этом нужно понимать, что если /home не на отдельном разделе, то при форматировании буде утеряно все содержимое /home (конфиги, доки, фото, музыка и т.п. хлам хранящийся в домашней директории пользователя)
ЗЫЖ Как-то пару раз переустанавливал ОС без форматирования /, просто перед переустановкой, загружался с LiveCD/USB и удалял все содержимое /, кроме /home, а при установке указывал те же логин и пароль пользователя, что использовал в предыдущей ОС... вроде получалось все нормально