В настройках наутилуса смотрел, что он делает с текстовыми исполняемыми? По умолчанию он их открывает в gedit, но можно изменить.
Где твой *desktop находится? Тему, на которую дали ссылку, смотрел? Там, вроде, всё просто описано.
Если никак, то кидай его в ~/local/share/applications. Потом найдёшь его в меню прлжн. и перетащишь на панель запуска. Это самое простое.