Безопасный вариант это физически отключить диск c Windows. Установить Ubuntu на другой диск, затем подключить HDD c Windows, загрузится в Ubuntu (через Boot menu, F12 или другая клавиша), обновить GRUB
sudo update-grub
Вероятно предварительно потребуется включить OS_PROBER (зависит от дистрибутива). Затем зайти в BIOS и поставить на первое место в загрузке, диск c Ubuntu.
Диск инициализировать не обязательно, таблицу разделов можно будет создать во время установки Ubuntu. Если решите сначала инициализировать диск в Windows, то выберите разметку диска MBR.