Мне кажется, что это можно сделать не сильно умственно напрягаясь.

1. Раздел на новом винчестере под директорию /home должен быть не меньше (а больше - ещё лучше).
2. Не подключая копируемый "винт", установить чистую систему на второй, выделив под "хомяка" необходимый объём свободного места.
3. Подключить первый, копируемый, "винт" . Затем загрузиться с Live-CD, примонтировать оба жёстких диска и через sudo, запустив файловый менеджер, включив в нём отображение скрытых файлов, скопировать все файлы из первого "хомяка" во второй, согласившись на замену одноимённых файлов и директорий.
Всё!