"Баста карапузики, кончилися танцы..."
Давным, давно...
Как-то понадобился мне питон для одного дельца.
Пошел я далеко, набрал библиотек требуемых, да распаковал их содержимое так, чтобы дело делали, а систему не портили.
И по сию пору они болтаются, мало-ли...

На скриншоте - расположение этих библиотек. В заголовке правой панели видно, что они в иерархии /usr/local. Внизу левой панели видно, что выделенный симлинк ссылается на файл на правой панели.
В заголовке окна mc видно, что и содержимое левой панель тоже в иерархии /usr/local. Как видишь, тот же twisted, тот же scapy.
Но это еще не все. Реально, все это находится "вне системы", на другом разделе.
При необходимости монтируется в /usr/local. Монтируется после запуска системы. Поэтому, даже если там полный бедлам, он никак не повлияет на работу системы. Как минимум система загрузится. Если не монтировать, то будет работать со своими родными библиотеками.
А пакеты можешь брать где угодно, хоть в kali.