Окей, а в каком файле смотреть эти настройки?
- ну это смотря что нужно посмотреть, и что ты там ожидаешь увидеть
... на вскидку, что-то находится в базе настроек среды, и тогда смотрят, да и редактируют в dconf(например, запусти dconf-editor и поищи в каких ветках упоминается time и timezone)
... что-то содержится в файлах расположенных в /usr/share/zoneinfo/ (ну тут всё ещё проще, посмотреть на файлы можно в файловом менеджере, но только "снаружи", а вот что они(эти файлы) собой представляют "внутри" так запросто не посмотришь, потому как, двоичные они)
ЗЫЖ вообще то, при желании, можно через переменную окружения TZ каждой программе назначить свою timezone, хотя в исправной системе с настройками по умолчанию, такого быть не должно... как вариант, создай новую учетку, и посмотри какое время будет в этих программах под ней...