Если Биос допускает загрузку в совместном режиме, то системы установить в разных режимах. Не удобство этого способа в том, что при присоединённых обоих дисках выбор через загрузочное меню Биос горячей клавишей.
Например у меня на рабочем основная вин 7 в легаси, подтыкаю внешний диск и устанавливаю на него linux в UEFI. При этом загрузчик 7 винды не затирается, ибо загрузчик linux в UEFI разделе присоединённого диска, он не лезет в загрузочную область MBR первого диска. Запись о системе linux остаётся и видна в меню загрузки при откинутом внешнем диске. Я стараюсь лишний раз не чистить эти записи в чипе Биос, ибо ресурс там весьма ограничен. Загрузчик linux на внешнем не правлю в плане того, что-бы при присоединённом внешнем выбор был не через Биос, а в меню граба на присоединённом. На внешний ставлю потому что не на постоянку, а так, потестить или на другой комп утащить.