Ровно тоже самое. Случилось после перезагрузки, а до того сделал ссылку на примонтированный (через fstab, все работает) ntfs диск в избранное Files. Список папок в левом баре Files так и не изменился, надо тупо идти в пункт Избранное, и она там будет. Чертовски неудобно.
Короче, проблема решилась по совету автора. Полагаю, я перетащил папку с NTFS на левую панель Files, а вместо или вместе с ней случайно и папку десктоп, и она слилась с одноименной папкой винды в папке ntfs

не представляю механизма, чё-то очень простое и мгновенное. Но медицинский факт. Пропало после манипуляций в Files, вылечил создав папку по новой и прописав её как рекомендовано выше.
ubuntu 22.04
Files встроенный родной 42.6 (и пока не очень удобный)