Если хочешь, чтобы было хорошо, то сделай это сам.
если может быть вы когда-нибудь установите Ubuntu 18...
И это не гарантирует полностью. Это чистая установка, а у тебя обновление. И разница железа скажется. И т.д. и т.п.
многие параметры просто не изменятся или после перезагрузки принимают то значение которое было изначально
Значит изменил не то, не там, не в то время.
потыкать параметры наугад...
"Метод научного тыка" - выглядит дебильно, но бывает эффективен.
...но жалко систему
Бэкап. Перед тем, как где-то что-то зачесалось, сделай бэкап. После этого можно начинать "ломать" систему.
Еще можно экспериментировать на "живой системе".
верхняя все также траурно-черная
Что верхняя, что боковая, что любой другой элемент оформления - это тема оформления. Тема оформления gnome-shell.
Все это конечно-же "теоретические сказки". За тобой - "сделать сказку былью".
Опыт - единственное, что получаешь, даже когда ничего не получается.
А вот за грамматику обидно. За что ты так с ней...