не понял как это сделать. Usermaster, может проведёшь ликбез?
Открываем документ pdf в программе, сдева рядом с кнопкой открыть есть кнопка импортировать.
Нажимаем, добавляем в конец документа другой документ, раскидываем страницы как нем надо мышью, лишние можно удалить.
сохраняем полученный документ в новый файл.
Так же можно удалять страницы, вращать.
И даже вставлять по одной или несколько страниц из одного документа в другой открыв оба документа сразу.
И вставлять страницы сразу в нужное место.
PDFMod и PDFShuffler давно заброшены и часто падают, по крайней мере у меня. Ещё были случаи когда PDFShuffler портил документы.
Поэтому давно и заменил их на выше указанные форки.
Вообще лично сам чаще всего использую Poppler utils и pdftk.