Тоже с этим сталкивался, в последних версиях вроде пофиксили.
На такие случаи, держу флешку подготовленную в Windows при помощи diskpart.
Просто меняю содержимое на флешке путём копирования файлов.
Если нужно Windows 10 закинуть, где файл wim больше 4 гб., разбиваю этот файл в Linux утилитой wimtools.
Ну а если проблем нет, конечно Vtntoy.