"Простенькая прога", которая будет искать исполняемые файлы в PATH? Не всё в PATH предполагает запуск пользователем (sbin и прочее). А если учесть доступные параметры и варианты их сочетания, то никакая она не "простенькая" и потребует немалой настройки.
Как-то оно бессмысленно, часто используемое можно загнать в алиасы, историю (её, правда, придётся подчищать время от времени), что-то типа "Особые действия" в Thunar для добавления пунктов меню ПКМ, кнопки/команды в других файловых менеджерах или тупо команды.txt со списком.
У себя в Double Commander добавил кнопки и меню, необходимость открывать терминал - большая редкость, но и в терминале есть история, поэтому вбивать что-то длинное обычно не приходится (единственное исключение - установка системы и настройка оной, но это и не повседневность ни разу, к тому же забэкапленный ~/.bash_history никто не отбирал).
Т.е. если всё равно настраивать запуск команд, то зачем отдельная прога?