Ну если 500 гигабайт, то его под систему, т.е. отдаёшь его установщику выбрав Стереть диск и установить Ubuntu (разумеется на диске уже не должно быть никакой ценной инфы, если есть что-то важное и ценное, то его следует предварительно сохранить в безопасное место), ну а второй, 1 Тб - под хранилище, НЕ под /home, а именно под хранилище, причем во время установки на него вообще не обращать внимания, им займёшься после.
Во всяком случае, будь в моём распоряжении два SSD M.2, я бы ими распорядился примерно так.
ЗЫЖ перечитай ещё раз Ответ #10, только вдумчиво