Ну как сказать, универсального средства нет.
Все зависит от приложения. Если оно пожелает обработать сигнал пришедший от килла, то все будет ок, а если нет, то только через "файл-выйти".
Как совет попробуй сигнал TERM (дефолтный) или KILL. Ну или связаться с разработчиками и узнать у них, какой сигнал они отлавливают и отлавливают ли вообще. Или в исходники заглянуть.