"Осетрина второй свежести. Свежесть бывает только одна - первая, она же и последняя."
...не та версия, пробовал обновить через менеджер пакетов (сначала один, потом другой)
Что за бред. Как правило, в репозитории одна версия, первая, она же последняя. Если понатащил в систему всякого мусора, сам разгребай эти "Авгиевы конюшни".
Простой, быстрый и надёжный метод - восстановить из бэкапа. Естесственно, ты понятия не имел.
Поэтому, второй простой быстрый и надёжный метод - переустановить систему. Больше для тебя методов нет.
Другие методы требуют хотя-бы элементарных знаний. Но, даже при высоких познаниях и умениях, не дают гарантии, что всё получится.
Хотя-бы, какая у тебя система знаешь?
Пробовал rm -r .gradle и rm -rf .gradle...
А хотя-бы малейшее представление имеешь, что должно было произойти?
Теперь ошибка dpkg: error: required read/write access to the dpkg database directory /var/lib/dpkg
Аналогично. Ни в зуб ногой... А ведь прямо сказано: нет доступа.